Secara garis besar Struktur PPID pada Kementerian Agama dikelompokkan menjadi dua yaitu Struktur PPID Kementerian Agama dan Struktur PPID Unit di Kementerian Agama, dimana dalam pelaksanaannya PPID Unit dibantu oleh Panitia Pengelola dan Pelayanan Informasi pada setiap satuan kerja. Sementara PPID Unit berdasarkan lingkup tugas, fungsi, kewenangan dan kedudukannya dapat dikelompokkan kembali menjadi Struktur PPID Unit Pusat, Struktur PPID Unit Perguruan Tinggi, dan Struktur PPID Unit Daerah. Adapun gambaran dari masing-masing struktur tersebut adalah sebagai berikut.